امنیت یکی از مشخصات داخلی پروتکل IPv6 است که دارای هر دو مشخصه تصدیق(Authentication) و رمزنگاری(Encryption) در لایه IP پروتکل جدید است. IETF سازمانی است که به گروه کاری امنیت در IP معروف است. این سازمان وظیفه دارد که مکانیزمهای امنیتی مورد نیاز در لایه‌های مختلف IP را هم در IPv6 و هم در IPv4 جهت گسترش و بهبود استانداردهای مورد نیاز بر عهده گیرد. همچنین این گروه وظیفه دارد پروتکل‌های مدیریتی کلید عمومی(Key Management Protocols) را جهت استفاده بیشتر در شبکه جهانی اینترنت توسعه و گسترش دهد. تصدیق(Authentication) این قابلیت را به گیرنده بسته می‌دهد که مطمئن شود آدرس مبدا معتبر بوده و بسته در طول زمان انتقال دچار تغییر و دستکاری نخواهد شد. رمز نگاری(Encryption) اطمینان می‌بخشد که تنها گیرنده اصلی بسته می‌تواند به محتویات آن دست یابد. به عبارت دیگر رمز نگاری باعث می‌شود که تنها گیرنده‌ای که بسته به نام او ارسال شده‌است، می‌تواند به محتویات آن دسترسی داشته باشد. برای بررسی و تحلیل این مزایا یک سیستم کلیدی بکار گرفته می‌شود که به موجب آن فرستنده‌ها و گیرنده‌ها بر روی یک مقدار کلیدی که مورد استفاده قرار می‌گیرد با هم به توافق می‌رسند. سیستم مدیریت کلید عمومی که توسط طراحان IPv6 پذیرفته شده‌است، مکانیزم ISAKMP می‌باشد، که با ایجاد و تولید کلید رمز سر و کار دارد و روشهای اجرای عمومی پروتکل مدیریت کلید را تامین می‌کند. پیغامهای ISAKMP با استفاده از پروتکل UDP رد و بدل می‌شوند و از شماره پورت ۵۰۰ استفاده می‌کند. 

IPv6 لزوم IPSEC را اجباری می‌کند و درنتیجه یک قالب امنیتی یک پارچه برای ارتباطات اینترنتی ایجادمی‌کند. IPSEC برای پیاده‌سازی رمزنگاری و نیز تصدیق استفاده می‌شود. دربسیاری از پیاده‌سازی‌های IPv4 امکان فعال سازی IPSEC نمی‌باشد و در نتیجه سطح امنیت کاهش می‌یابد.